Исследователям COVID-19 NVIDIA предоставляет бесплатный доступ к Parabricks

В ответ на пандемию коронавируса комапания NVIDIA предлагает вооружиться инструментами, которые помогут понять природу COVID-19 и найти ему эффективное противодействие.

Уже сейчас NVIDIA бесплатно предоставляет 90-дневную лицензию на Parabricks всем исследователям нового коронавируса. ПО Parabricks основано на популярном наборе инструментов Genome Analysis и работает на базе GPU, ускоряя анализ данных в секвенциях до 50 раз.

Для исследователей, работающих с секвенированием с длительным считыванием Oxford Nanopore, на GitHub доступен репозитарий инструментов, ускоряемых на GPU. Ускорение на графических процессорах NVIDIA также поддерживают такие приложения, как Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.

В настоящий момент исследователи секвенируют как геном коронавируса, так и геномы людей, заболевших COVID-19, чтобы понять, как распространяется болезнь и кого она затрагивает в первую очередь. Однако анализ последовательностей геномов занимает много времени и требует существенных вычислительных ресурсов.

Команда Parabricks вошла в состав NVIDIA в декабре 2019, дополнив существующий инструментарий NVIDIA новейшими инструментами в области секвенирования генома. Инструменты Parabriks помогают, как заявляют в компании, сократить время определения вариантов генома человека от дней до часа всего на одном сервере.

Учитывая беспрецедентную скорость развития пандемии, такое быстрое получение результатов может помочь быстрее понять эволюцию вируса, чтобы быстрее создать эффективные вакцины.

В настоящий момент NVIDIA обсуждает возможность предоставления вычислительных ресурсов и доступа к Parabricks на платформах провайдеров облачных сервисов и суперкомпьютерных центров.